在國家能源局機構重組、職能轉變的大趨勢下，其內設機構職能交叉的問題也納入統籌考慮范疇。
　　
　　據知情人士透露，能源局內部對煤層氣行業管理可能出現調整，行業管理權限或由煤炭司轉移至油氣司。
　　
　　按照當前機構職責劃分，能源局煤炭司負責煤層氣（煤礦瓦斯）管理，并承擔煤礦瓦斯防治部際協調領導小組的具體工作，協調有關部門開展煤層氣開發、煤礦瓦斯治理和利用工作。
　　
　　而石油天然氣司負責管理石油、天然氣項目規劃布局，以及對管道項目、油氣對外合作區塊的審核。這些油氣項目不包括煤層氣在內。
　　
　　煤層氣企業人士認為，煤炭司側重煤炭項目管理，用管理煤炭的思路發展煤層氣。目前，我國煤層氣距離商業化還有很大距離，煤炭與煤層氣伴生，二者之間存在的礦權重疊問題一直沒有得到較好解決，影響行業發展。
　　
　　全國煤礦瓦斯防治部際協調領導小組第十次會議數據顯示，2012年煤層氣（煤礦瓦斯）抽采量141億立方米、利用量58億立方米，而原先的既定目標分別是抽采量155億立方米，利用量80億立方米。
　　
　　由于煤層氣開發從煤炭治理角度出發，煤礦井下瓦斯抽采增長速度和規模一直高于地面煤層氣抽采。2012年官方數據井下瓦斯抽采量114億立方米，地面煤層氣產量27億立方米。